在科研团队全力攻克亚特兰蒂斯聚变能源体系的同时，唐忠国和李队长等调查部人员也投身于一项同样意义非凡的任务——改造那艘从南海带回的潜艇航母。他们深知，这艘潜艇航母经过现代化改造后，将成为调查部执行秘密任务的强大基地，在未来的行动中发挥关键作用。

改造工作在一个隐蔽的大型船坞中悄然展开，这里戒备森严，周围布满了各种先进的安保设施，确保改造过程的绝对机密。唐忠国和李队长站在船坞边，望着眼前庞大的潜艇航母，心中既充满了期待，又感到责任重大。

“老李，这可是我们调查部未来的王牌，一定要把它打造得坚不可摧。”唐忠国拍了拍李队长的肩膀说道。

“没错，老唐，咱们可得好好干，不能有半点马虎。”李队长坚定地回应道。

首先进行改造的是武器系统。他们召集了国内顶尖的武器专家，共同商讨设计方案。专家们围坐在巨大的会议桌前，桌上铺满了图纸和资料，大家各抒己见，气氛热烈。

“我们要摒弃传统的武器配置思路，结合当下的科技发展和未来任务需求，打造一套具有超强火力和精准打击能力的武器系统。”一位资深武器专家指着图纸说道。

经过反复讨论和论证，他们决定在潜艇航母上配备最新研制的电磁轨道炮。这种武器利用电磁力发射炮弹，具有射速快、射程远、精度高的特点，能够对远距离目标进行快速打击。为了安装电磁轨道炮，技术人员对潜艇航母的甲板进行了重新设计和加固，确保能够承受武器发射时产生的巨大后坐力。

在安装过程中，遇到了诸多难题。电磁轨道炮的发射需要强大的电力支持，如何在潜艇航母上构建稳定的电力供应系统成为了关键。技术人员们日夜钻研，不断尝试各种方案，经过无数次的测试和改进，终于设计出一套高效的电力分配系统，将潜艇航母的动力系统与电磁轨道炮的电力需求完美结合。

“成功了！”当电磁轨道炮第一次在潜艇航母上试射成功时，整个船坞都沸腾了。炮弹如一道闪电般划过天空，准确命中了数公里外的目标，巨大的爆炸声回荡在海面上。唐忠国和李队长看着这一幕，脸上露出了欣慰的笑容。

接下来是能源系统的改造。这是一项更为艰巨的任务，因为他们要将亚特兰蒂斯的聚变能源技术应用到潜艇航母上。科研团队与调查部人员紧密合作，共同攻克技术难关。

负责能源系统改造的工程师们面临着前所未有的挑战。亚特兰蒂斯的聚变能源体系虽然先进，但要将其适配到潜艇航母上，需要对整个能源架构进行彻底的重新设计。他们首先对潜艇航母的动力舱进行了大规模的改造，拆除了原有的陈旧能源设备，为安装新型聚变能源装置腾出空间。

在安装过程中，每一个步骤都需要小心翼翼。聚变能源装置的核心部件——那些神秘的晶体，被放置在特制的防护舱内，周围环绕着复杂的磁场和电场控制设备。工程师们全神贯注地操作着各种仪器，确保晶体的排列和运行环境符合设计要求。

“注意，慢慢调整磁场强度，一定要精确到小数点后三位。”一位工程师紧张地盯着仪器屏幕，对旁边的助手说道。

经过连续数日的奋战，聚变能源装置终于安装完成。当启动按钮被按下的那一刻，整个潜艇航母微微震动，新型能源系统开始稳定运行。强大而稳定的能量流源源不断地输送到潜艇航母的各个系统，为其提供了前所未有的动力支持。

“这将彻底改变潜艇航母的续航和作战能力。”唐忠国兴奋地说道。

除了武器和能源系统，他们还为潜艇航母配备了三架全新的歼侦6A飞机。这些飞机是国内航空技术的结晶，具有出色的侦察和作战能力。为了适应潜艇航母的搭载需求，技术人员对歼侦6A飞机进行了一系列的改装。

他们在飞机的起落架上安装了特殊的缓冲装置，以适应潜艇航母较短的起飞和降落跑道。同时，对飞机的机翼进行了可折叠设计，以便在潜艇航母的机库内能够更高效地存放。在飞机的航电系统方面，也进行了升级，使其能够与潜艇航母的指挥控制系统实现无缝对接。

在为潜艇航母配备歼侦6A飞机的过程中，试飞工作成为了重中之重。试飞员们肩负着巨大的压力，他们驾驶着改装后的歼侦6A飞机，一次次从潜艇航母的甲板上起飞，进行各种性能测试。

“感觉怎么样？”每次试飞结束后，李队长都会焦急地询问试飞员。

“飞机的性能很棒，但是在降落时，由于甲板的特殊环境，还是需要一些时间来适应。”试飞员认真地回答道。

经过多次试飞和调整，歼侦6A飞机终于完美地适应了潜艇航母的搭载要求。三架崭新的歼侦6A飞机整齐地停放在潜艇航母的机库内，机翼折叠，机身闪耀着银色的光芒，仿佛随时准备奔赴战场。

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随着武器系统、能源系统的改造完成以及歼侦6A飞机的成功配备，潜艇航母焕然一新。它不再是一艘陈旧的二战遗物，而是成为了一艘集先进科技于一身的秘密行动基地。

唐忠国和李队长带领着调查部人员，开始对潜艇航母的各项功能进行全面测试和磨合。他们模拟了各种实战场景，从情报侦察到火力打击，从海上巡逻到紧急救援，潜艇航母在每一次模拟任务中都表现出色。

在一次模拟侦察任务中，两架歼侦6A飞机从潜艇航母上起飞，迅速攀升至高空，向着目标区域飞去。飞机上搭载的先进侦察设备开始工作，对地面和海面进行全方位的扫描和监测。与此同时，潜艇航母利用自身的先进雷达和通信系统，与飞机保持着实时联系，接收和分析飞机传回的情报数据。