而此时，荷兰人的军事和商业复合体“东印度公司”已经占领澎湖，而李旦居中斡旋，说服荷兰人退出，转移台湾。郑一官被李旦派到澎湖，担任荷兰人的通事（翻译）。

接着郑一官就成为了荷兰人的爪牙，为荷兰人独占整个台湾立下了汗马功劳。而到了天启五年四、五月间，也许是在荷兰人手下没有太多的发展，或因奉义父李旦之命，郑一官离开荷兰人，开始亦商亦盗的海上生涯。

但几个月后，李旦就死后，他在台湾的产业和事业都归郑一官所有，这为郑一官合并当时台湾既有的其他汉人武装势力，以及从大陆招收新的势力到台，创造了条件。

而当时，颜思齐与杨天生、陈衷纪、郑一官等二十八人是拜盟为兄弟，众推颜思齐为盟主的。可是一个多月后，颜思齐豪饮暴食染了伤寒病又死了，郑一官一跃为盟主。

你也不要说，郑一官的运气也真好，死神为他扫清了道路扶持着他一步步地往上窜。由此也在后世引发了是郑一官连续下毒手的猜测。

郑一官自立门户后，从福建招徕了郑兴、郑明、杨耿、陈晖、郑彩等部将。他将部下分为十八先锋，结为“十八芝”，并从此改名为“芝龙”，而不再称“一官”。郑芝龙继续拓垦大业，势力不断壮大，成为当时海上最大的武装集团。

在天启六至七年，郑芝龙自率船队袭击福建漳浦，劫掠金门、中左所（今厦门）和广东靖海、甲子等地，不久又回师福建，再犯厦门，袭铜山（东山），陷旧镇，击败金门游击卢毓英、福建总兵官俞咨皋的进剿，纵横东南海上，声势所向披靡，官兵疲于奔命，莫可奈何。

奔袭中，郑芝龙等还招抚了泉州饥民数万人赴台拓垦，沿海饥民及无业者竞往投靠。这一仗郑芝龙打败官兵和许心素，使厦门从此成为郑氏的地盘，势力日益强盛，官兵不能敌，也代表着泉州帮势力的兴起。

而郑芝龙海上势力的日益扩张强盛，引起明朝统治者的恐惧，多次派兵追剿，但均失败。明政府既无力剿灭郑芝龙，又为了利用这支海上势力与荷兰人抗衡，镇压其他“海盗”，只好对郑芝龙施行绥抚。

不过，由于郑芝龙集团力量的大幅度发展，对荷兰殖民者也造成很大威胁，荷兰船只一在中国海露面，就为郑芝龙集团截获，为此，天启七年还发生一场驻台荷军与郑军的战争，结果荷军败北。

接着就是明廷对郑芝龙的几次招抚了。前几次都没有成功，直到崇祯元年七月，福建巡抚熊文灿才成功地招抚了郑芝龙。郑芝龙率部降明以后，诏授海防游击，任“五虎游击将军”，离开他多年经营的海上贸易根据地台湾，坐镇闽海。此时，郑芝龙有部众三万余人，船只千余艘。

不过让人好笑的是，郑芝龙的招抚成功，最后却成为了熊文灿的一道催命符。不过这也是后话了。

接着就是郑芝龙扫清其他海盗势力的表演时间了。对于郑芝龙的降明，原先的兄弟纷纷自己拉旗自立，于是郑芝龙把他们一一击垮。到了最后，只有原先与他一起出生入死的刘香，拉了一股势力到广东，继续其海上劫掠营生。而刘香势力与荷兰人勾结，在一段时间内对郑芝龙造成很大威胁。

崇祯五年，郑芝龙与刘香的船队在福州附近遭遇，发生血战，从早上打到傍晚，双方各死伤近千人。郑芝龙弟弟郑芝虎在身上两处负伤的情况下，冲入敌阵，被刘香的人用四爪锚和铁链缠住，几乎不能脱身，后来是部下拼死救出。而刘香本人则向南逃逸而去。

崇祯六年七月，新任荷兰台湾长官普特曼斯为迫使明朝开放贸易，企图用武力强占大陆沿海，在刘香的帮助下，不宣而战，派出八艘战舰，对刚刚追剿刘香回到厦门没有戒备的郑芝龙部和明朝官兵发动突袭。击沉、烧毁和弄沉港内郑芝龙和明朝官兵的二十几艘战船。