明廷对剿匪首席刽子手曹文诏部入晋会剿，寄予了很大希望。崇祯皇帝亲自批准给曹文诏先加升一级，授权“节制秦，晋诸将。”而马科、曹变蛟等也分别升官以资鼓励。明朝朝廷希冀把陕西的战果扩大到山西，一场围歼山西起义军的战斗就要开始了。

而为了对付鏖集山西的明军，农民造反军队采取了避实就虚的策略。崇祯六年正月，他们东跨太行山进入畿辅地区，出现在顺德（今河北省邢台地区）、真定（今正定）两府境内。这使明政府深感不安。

为了堵御农民造反军队进入畿南平原地带，保护京师的安全，明廷急忙抽调通州兵二千，昌平兵二千，会同保定总兵梁甫部八千人，配合大名兵备道卢象升和山西官军夹剿。

在同明军作战中，农民造反军队充分发挥了流动作战的优越性，他们在晋、冀、豫三省接境地区不断转移，避开官军的重兵，相机出击。这就使官军处于被动挨打的地位。（这里所说的河南地区是河南省黄河以北的地区。而吴世恭的汝宁军认为农民造反军队进入的河南，为河南省黄河以南地区。因此，这两个概念是不同的）。

这一打游击战，明朝朝廷内的矛盾也激化了。兵部指责“河南不塞太行之险，揖贼使入，不得无罪。”而河南的士绅们（这些士绅背后站着的都是河南地方官员）向朝廷请求，由三边总督洪承畴兼管山西、河南军务。

虽然兵部同意了这个方案，认为可以统一事权，防止各省互相推诿，便于全面部署对农民造反军队的围剿。而且兵部还建议洪承畴移驻三省交界的潼关，监制山西、河南二巡抚和曹文诏、邓玘、张应昌三总兵。

可是，在首辅温体仁的劝说下，这时崇祯皇帝还是不愿意让臣下掌握较大的权力，没有同意这个方案。

崇祯皇帝把起义军活跃于三省归咎于官军作战不力，所以派太监陈大奎、阎思印、谢文举、孙茂霖等为内中军，分别出任曹文诏、张应昌、左良玉，邓玘四镇的监军。

崇祯皇帝也当了皇帝六、七年了，也在文官的面前吃过太多的苦头了，所以现在他也只能够自打耳光，任用太监派到军中充当自己的耳目，以此来防止文武官员的欺蒙。

但是，宦官们擅长的只是巧言令色骗取皇帝的信任，借以招权纳贿。在军事上他们完全是外行。所谓“监纪功过”，不过是给他们提供一个发财的机会罢了。

而地方上的文武官员，为了让他们在皇帝面前说点好话，从贪污所得中分给一些油水，也就串通一气，互为表里了。

农民造反军队在畿南地区同明军作战互有胜负。由于当时造反的农民的力量还敌不过官军，华北大平原上又无险可据，在朝廷逐渐加强这一带防守力量以后，起义军就转入太行山区。

而明潞王分封在卫辉府（府治在河南汲县），他眼看农民军在豫北的力量越来越大，封地岌岌可危，乃上疏告急。因此，崇祯皇帝特命倪宠、王朴任总兵，太监杨进朝、卢九德为监军，统京营兵六千往豫北征讨义军。官军倚仗优势兵力，逐渐把起义军主力压缩在河南省的黄河以北地区。明政府以为北有重兵，南扼大河，可以把起义军消灭在这里。

而在这时候，崇祯六年五月，起义军的一位重要首领紫金梁（王自用），在河南济源病死了。王自用在王嘉胤死了以后，曾被在山西的各支起义军推为盟主。后由于明庭施展离间计，使紫金梁和其他首领人物之间有了隔阂。不过尽管如此，王自用在当时仍然是一位有影响的领袖人物。

而这时候，明庭调来的官军云集于晋、冀、豫三省的交界地区。由于当时主要的战场已经移到了豫北，因此河南省的官军称为主兵，共有八千三百余名；山西、河北和京营客兵达一万九千六百人，加上曹文诏等所统陕西兵，参加围剿的官军总数当在三万以上。而农民造反军队活动的余地也越来越小，粮食给养都极感困难，面临着被官军围歼的危险。

因此，在明庭下发的邸报中是一片乐观情绪。令人感到惊讶的是，到了这个时候，整个明庭还是没有对纵横几省的农民造反大军重视起来。明朝朝廷的军费开支还是大部分投入到了辽东。当然，孔有德的登莱叛变也占用了明朝朝廷的大量军费。